En 1811 las tropas al mando del General Manuel Belgrano marcharon en una expedición para libertar al Paraguay, pero fueron derrotadas en la batalla de Tacuarí (9 de marzo de 1811) y en la de Paraguarí por las tropas locales, hasta entonces declaradas realistas.
Las tropas vencedoras asumieron una nueva identidad y el 14 de mayo de 1811 estalló el movimiento revolucionario paraguayo, dirigido en lo militar por el capitán Pedro Juan Caballero, Fulgencio Yegros, Vicente Ignacio Iturbe y Mauricio José Troche y en lo político por Fernando de la Mora, Juana de Lara, Juan Valeriano Zeballos y José Gaspar Rodríguez de Francia, quienes intimaron al Gobernador Velasco a unírseles. Zeballos y Francia asumieron entonces un cogobierno con el funcionario español. Velasco sería destituido antes de un mes.
El 17 de junio de 1811 un congreso nombró una junta gubernativa presidida por Fulgencio Yegros. Se estableció un proyecto de confederación entre las Provincias Unidas del Río de la Plata y Paraguay (inclusive llamando a la integración de toda Latinoamérica), pero los intereses contrapuestos de las elites porteñas y asuncenas chocaron a despecho de las intenciones de los patriotas y los pueblos, tal desinteligencia fue incentivada por el Reino Unido de Portugal, Brasil y Algarve. El 12 de octubre de 1811 se firmó con el enviado de Buenos Aires, el General Manuel Belgrano, un Tratado de Amistad, Auxilio y Comercio.

Dr Gaspar Francia

El Segundo Congreso Nacional se reunió del 30 de septiembre al 12 de octubre de 1813. Las decisiones de este segundo Congreso fueron las siguientes: se eligió una nueva forma de gobierno, el Consulado al frente de Fulgencio Yegros y del Dr. José Gaspar de Francia, adoptándose el nombre de República que sustituyó al de Provincia. Poco después Yegros se aparta del gobierno y Francia declara oposición a la idea confederación paraguayo-argentina dado que en Buenos Aires preponderaban los unitarios (en este caso los partidarios de un gobierno centralizado en Buenos Aires, que formaban una élite que daba muestras de querer subyugar la autonomía de los demás integrantes de la confederación). El Congreso reunido el 3 de octubre de 1814, resolvió conceder el título de Dictador Supremo de la República del Paraguay, por un período de 5 años, a José Gaspar de Francia.
No cumplidos aún dos años de la Dictadura Temporal, el Cuarto Congreso Nacional, reunido el 30 de mayo de 1816, declaró dictador perpetuo a José Gaspar de Francia, cargo que ocupó hasta su muerte en 1840.
El gobierno de José Gaspar de Francia que duró 24 años, cerró prácticamente el país a la influencia extranjera. Este gobierno no tenía ministros, y no se permitió en el ejército un grado mayor que el de alférez. En los puntos estratégicos de la República (Itapúa, Pilar, Concepción, Villarrica, Misiones, Fuerte Olimpo) mantenía delegados, encargados de informarle y de hacer cumplir sus órdenes.
En 1820, se produjo una conspiración contra el Dictador, pero fue descubierta y más de 100 conspiradores fueron ejecutados, entre los que había algunos próceres de la independencia.